سومین پژوهشکده به نام "پژوهشکده هواشناسی آب و کشاورزی" در سال 1387 رسماً در استان ایلام شروع به کار کرد. این پژوهشکده با داشتن سه گروه پژوهشی در زمینه های مختلف هواشناسی آب و کشاورزی به انجام مطالعات و پژوهش های مرتبط با دانش آب شناسی کشاورزی ، شناخت، گسترش و ارائه کاربردهای آنها می پردازد. همچنین بخش مهمی از فعالیت های این پژوهشکده همکاری آموزشی با مراکز آموزش عالی در زمینه های مرتبط با علوم آب و کشاورزی است.
